Na terytorium podbitych Prus powstały trzy biskupstwa: pogezańskie, warmińskie i sambijskie. Dzięki temu w nazwach tych diecezji utrwaliły się nazwy dawnych terytoriów pogańskich Prusów: Pogezanii, Warmii i Sambii; pozostałe terytoria pogańskich Prusów znikły z map. Trzeba jednak pamiętać, że obszary tych diecezji znacznie się różniły od pierwotnych obszarów plemiennych dawnych Prusów. Biskupstwo pomezańskie i sambijskie zostały zniesione już w XVI wieku, kiedy ich terytoria ogarnęła reformacja. Przetrwała przy katolicyzmie tylko diecezja warmińska, “Święta Warmia” w XV wieku wcielona do Królestwa Polskiego i do rozbiorów Rzeczypospolitej Obojga Narodów w nim pozostająca.
Granice Państwa Zakonnego na południu, na styku z dzielnicami piastowskimi, wytyczano drogą polubownych uzgodnień. Na wschodzie natomiast, od strony Litwy, była to ruchoma „płonąca granica”, przesuwająca się w obie strony, zależnie od wyniku permanentnych walk w tej strefie toczonych. O tej zasadniczej różnicy pomiędzy kontaktami z Piastami i ciągłymi walkami z rodem Giedymina należy pamiętać. Istotną zmianę tego przyniosły wydarzenia pierwszej dekady XIV wieku.
Długie bezkrólewie, zapoczątkowane w 1306 roku, zachęciło Brandenburgię do zajęcia Pomorza Gdańskiego, będącego wtedy nadmorską dzielnicą Królestwa Polskiego. Ubiegający się o tron polski Władysław Łokietek, nie mając warunków dla osobistej interwencji w celu odzyskania tej krainy, poprosił Państwo Zakonne o usunięcie z niej Brandenburczyków. Krzyżacy zadanie to wykonali, ale krainę tę zatrzymali dla siebie, wcielając ją do Państwa Zakonnego w 1309 roku.
Od utraty Pomorza Gdańskiego stał się Łokietek już na zawsze zaprzysięgłym wrogiem Krzyżaków, co czynnie okazywał, odkąd stał się królem Polski (1320-1333). Był to jedyny Piast wojujący z Krzyżakami; pozostali albo zajmowali wobec nich postawę neutralną, albo walczyli po stronie krzyżackiej podczas wojen, jakie Królestwo Polskie toczyło z Państwem Zakonnym za Jagiellonów. Zarówno pod Grunwaldem, jak i podczas wojny trzynastoletniej, do niewoli polskiej trafiali Piastowie śląscy, wspomagający Krzyżaków. Kazimierz Wielki (1333-1370), syn i następca Łokietka, w odróżnieniu od swego ojca był realistą, rozumiejącym, że Królestwo Polskie jest zbyt słabe, aby samo mogło walczyć z nimi o odzyskanie Pomorza Gdańskiego. Kontynuował zatem zapoczątkowaną przez Łokietka politykę zbliżenia politycznego z Litwą, jako wspólnym wrogiem Państwa Zakonnego. Owocowała ona dynastyczną unią polsko-litewską, która dała Królestwu Polskiemu blisko dwa wieki trwającą epokę jagiellońską, wciągającą Polskę w sekwencję wojen litewsko-krzyżackich, które dopiero przy połączonych siłach obydwu państw doprowadziły do zwycięskiego końca „sprawę krzyżacką”.
Nacjonalistyczna historiozofia ostatnich dwóch stuleci, całkowicie wypaczyła jej obraz, interpretując ją jako apogeum historycznych zmagań z „cała nacją niemiecką”. Smutną rolę w tym zakłamaniu historii odegrał Henryk Sienkiewicz swą powieścią „Krzyżacy”. Bezpośrednio po jej ukazaniu się, zabrał głos historyk Szymon Askenazy, wyjaśniając: Była potem jedna, najwyłączniejsza, na śmierć i życie, walka z Zakonem. To znaczy atoli, nie tyle walka z samą niemczyzną jako taką, ile z jedną potężną instytucją, która, jakkolwiek zrodzona u źródeł Rzymsko-germańskiego imperium, przedstawiała się przede wszystkim jako zamknięte przedsiębiorstwo kosmopolityczne, jako rodzaj zbrojnych jezuitów we wschodnio-europejskim Paragwaju, która zarówno wydawała na rzeź słowiańskie wsie, jak i niemiecki Gdańsk, zarówno ciemiężyła i wysysała podbitych osadników niemieckich, jak tępionych tuziemców słowiańskich, i która też, podcięta polsko-litewskim orężem, została ostatecznie złamana i zwalona przy dzielnej pomocy samychże duszonych przez nią Niemców, oddających się pod opiekę polsko-litewskiego państwa.
Przypomina tu Askenazy to, na co wcześniej zwrócił uwagę kustosz raperswilskiego muzeum, historyk Franciszek Duchiński: Czyż to nie Niemcy z Chełmna, z Torunia, z Gdańska i z innych miast pruskich królewskich walczyli przeciw Krzyżakom? Nie oniż to powołali ojce nasze, abyśmy ich wybawili od Krzyżaków? Oni to prezentowali się jako Niemcy, a Krzyżaków oskarżali jako wrogów ludu niemieckiego. Bunt niemieckich poddanych Państwa Zakonnego, oddających się w 1454 roku pod opiekę króla polskiego, rozpoczął wojnę przełomową dla klęski „sprawy krzyżackiej”. Kilkadziesiąt lat po niej reformacja doprowadziła do końca likwidację Państwa Zakonnego.
