Po wielkiej wojnie, zakon krzyżacki dotknął wewnętrzny kryzys. Wyzyskiwana ludność była skora do buntu, znalazło to swój wyraz w utworzeniu Związku Pruskiego (1440), skupiającego miasta pruskie, m.in. Gdańsk i Toruń. Jego polityka skierowana była przeciw Krzyżakom. 6 lutego 1454 roku zaatakowano zamek krzyżacki w Toruniu. Powstańcy zwrócili się się do panującego wówczas w Polsce Kazimierza Jagiellończyka z prośbą o włączenie Prus do Korony Polskiej. 6 marca 1454 król podpisał akt inkorporacji, jednocześnie wypowiadając Zakonowi wojnę. Jednocześnie pozostałe miasta pruskie doprowadziły do wybuchu powstania (oczywiście skierowanego przeciwko Krzyżakom). Wojna 13-letnia (1454-1466)zdawała się początkowo zmierzać do inkorporacji całości Państwa Zakonnego do Królestwa Polskiego. Planowano wówczas jego podział na cztery województwa. Trzy z nich – toruńskie, gdańskie i elbląskie – miały powstać w części zachodniej Państwa Zakonnego; stolicami ich miały być najważniejsze tutaj miasta, o których mawiano: Toruń piękny, Elbląg mocny, Gdańsk bogaty; czwartym, obejmującym wschodnią część Państwa Zakonnego, miało być województwo królewieckie. Ostatecznie jednak pokój toruński, wojnę tę kończący, zadecydował o połowicznym jej wyniku: tylko część zachodnia Państwa Zakonnego, pod nazwą Prus Królewskich, miała wejść bezpośrednio do Królestwa Polskiego; część wschodnią, jako lenno Królestwa, pozostawiono Zakonowi pod nazwą Prus Krzyżackich ( po ich sekularyzacji w 1525 roku, jako świeckie lenno Królestwa pod nazwą Prus Książęcych). Biskupstwom Państwa Zakonnego pozostawiono swobodę wyboru pozostania w Prusach Krzyżackich, bądź przejścia do Prus Królewskich: pierwszą opcję wybrały biskupstwa sambijskie i pogezańskie, drugą biskupstwo warmińskie. Na mocy postanowień pokoju toruńskiego z 1466 roku zakon krzyżacki oddał Polsce Pomorze Gdańskie, ziemię chełmińską i michałowską, a także Warmię i stolicę Malbork, które nazwano Prusami Królewskimi, a pozostałe pod władzą krzyżacką ziemie określano odtąd jako Prusy Zakonne. Tereny te na ziemi pruskiej były lennem króla Polski. Nową stolicą państwa został Królewiec. Władzę zwierzchnią Korony Królestwa Polskiego nad tym terytorium potwierdzała seria hołdów pruskich składanych królom Polski.
Sekularyzacja Zakonu
Od 1501 wielcy mistrzowie krzyżaccy odmawiali składania hołdu lennego władcom Polski, co stało się powodem wojny polsko-krzyżackiej 1519–1521. Po przegranej wojnie, zmuszony przez koneksje rodzinne oraz dla zachowania pokoju wewnętrznego, wielki mistrz zakonu Albrecht Hohenzollern przeszedł na luteranizm, co położyło kres istnieniu państwa zakonnego. Państwo zarządzane przez Albrechta, mimo że wciąż dość silne militarnie, znalazło się w próżni politycznej, co wykorzystał król polski Zygmunt I Stary i zmusił Albrechta do hołdu lennego w 1525, jako wieczystego lennika Królestwa Polskiego.
